A KTM RC 390 2016-ra óvatos modellfrissítésen esett át, amire első sorban az Euro4-es normák bevezetése miatt volt szükség, másod sorban a vásárlói visszajelzésekkel indokolták a finom átalakítást.
A legszembetűnőbb újítás a kipufogó, ami már nem a blokk alól köpi ki az égésterméket, hanem a jobb oldalra kihelyezett dobon keresztül. Emiatt át kellett tervezni a geometriát, így viszont nőtt a szabad hasmagasság.
Szintén a kipufogó miatt kellett módosítani az utas lábtartóját, ám ennél fontosabb, hogy az RC 390 is elektronikus gázkart kapott, a visszaváltásokat pedig 2016-tól csúszókuplung teszi biztonságosabbá - ez a korábbi RC 390-esekbe utólag beszerelhető.
20 millimétert nőtt az első féktárcsa, ami így már 320 mm átmérőjű, de újak az állítható fék- és kuplungkarok is, illetve átdolgozták a benzintankot, hogy csökkentség az üzemanyag párolgását, valamint kapott némi extra szivacsot az utasülés és alakítottak a visszapillantó tükrök formáján.
Az RC 44 lóereje és 147 kilója változatlan maradt.